IDENTIFIKASI MOLEKULER GEN 16S rRNA ISOLAT BAKTERI PENDEGRADASI INULIN DARI RIZOSFER UMBI DAHLIA

Abstract

Gen 16S rRNA dapat digunakan untuk identifikasi spesies bakteri secara molekuler. Pada penelitian telah dilakukan identifikasi molekuler gen 16S rRNA isolat bakteri pendegradasi inulin dari rizosfer umbi Dahlia yang diberi kode RZ-01. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan spesies isolat bakteri RZ-01. Isolasi DNA kromosom bakteri dilakukan sesuai metode yang dimuat pada Wizard Genomic Purification Kit by Promega. DNA kromosom isolat bakteri RZ-01 diidentifikasi dengan elektroforesis DNA. Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan metoda Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer BactF1 dan UniB1. Amplikon produk PCR adalah gen 16S rRNA isolat bakteri RZ-01, kemudian ditentukan urutan basa nukleotidanya berdasarkan metoda dideoxcy-Sanger menggunakan primer UniB1. Urutan basa nukleotida gen 16S rRNAisolat bakteri RZ-01dibaca menggunakan progam DNASTAR dan dianalisis menggunakan program BLASTn, Clustal Omega dan Mega 6. Ukuran fragmen gen 16S rRNAisolat bakteri RZ-01 yang diperoleh 724 bp.Konsentrasi DNA kromosom isolat bakteri RZ-01 diperkirakan 50 ng/µL. Hasil identifikasi menunjukkan isolat bakteri RZ-01 termasuk kedalam kelompok spesies Enterobacteraerogenes.