Genetics Profile Analysis of Endophytic Bacteria of Andalas (Morus macroura Miq.) Producing Antimicrobial Activities Using Inter-Simple Sequence Repeat (ISSR) Methods

Abstract

Resistensi antimikroba menimbulkan bahaya besar bagi kesehatan dunia, termasuk bakteri seperti Escherichia coli (42% resistensi terhadap sefalosporin) dan Staphylococcus aureus (35% resistensi terhadap metisilin). Bakteri yang diisolasi dari Morus macroura Miq. (Andalas) merupakan salah satu mikroorganisme endofit pada tanaman yang telah menunjukkan potensi tinggi untuk menghasilkan senyawa metabolit sekunder yang bersifat antibakteri. Namun, subkultur yang berulang-ulang dapat berdampak pada sintesis metabolit dan stabilitas genetik. Autentikasi stok kultur sangat penting untuk menjaga kemurnian isolat dan konsistensi aktivitas antibiotik, dengan teknik ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat) digunakan sebagai metode yang cepat dan tepat untuk menilai profil genetik. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis profil genetik bakteri penghasil senyawa antimikroba dengan metode ISSR. Sebanyak enam isolat bakteri endofit Andalas (Morus macroura Miq.) dari jaringan akar, batang, dan daun dikoleksi, diekstraksi DNA-nya menggunakan QIAamp DNA Mini Kit, diamplifikasi dengan enam primer ISSR melalui PCR, divisualisasikan menggunakan elektroforesis, dianalisis secara biner dengan software UVITEC FireReader, dan variasi genetiknya dievaluasi menggunakan metode UPGMA melalui software PAST 4.17 untuk menghasilkan dendrogram tingkat similaritas. Analisis ISSR menggunakan enam primer berhasil menganalisis variasi genetik enam isolat bakteri endofit Andalas (Morus macroura Miq.), menghasilkan 135 pita DNA dengan ukuran 800–11.000 bp, tingkat polimorfisme 100%, dan dendrogram UPGMA yang membagi isolat ke dalam dua clade utama berdasarkan asal jaringan tanaman, menunjukkan efektivitas ISSR-PCR dalam mengevaluasi keragaman genetik dan hubungan filogenetik. Profil genetik bakteri endofit Andalas (Morus macroura Miq.) dengan enam primer ISSR menunjukkan hubungan kekerabatan terdekat pada isolat DT 10-6.1 dan DT 10-6 (Jaccard’s Similarity 0,3111), serta jarak genetik terjauh pada isolat DT 10-6 dan A1 2.2 (Jaccard’s Similarity 0,0233).