Specific primer design and optimization of annealing temperature for amplification gene peroxidase (POD) in Oryza sativa L.

Nella Fauziah, Afifatul Achyar, Zulyusri Zulyusri, Yusni Atifah, Linda Advinda, Violita Violita

Abstract


Peroksidase (POD) merupakan enzim antioksidan yang memiliki beragam fungsi dalam siklus hidup tanaman, salah satunya adalah sebagai pertahanan dalam melawan ROS dengan mengkatalisis konversi H2O2 menjadi udara dan O2 . Kemampuan aktifitas enzim POD dalam mengatur kandungan H2O2 memungkinkan enzim tersebut dapat mempertahankan tanaman dari cekaman. Metode yang dapat digunakan untuk amplifikasi gen POD salah satunya yaitu kuantitatif reverse transcription- PCR (qRT-PCR). Metode ini memerlukan beberapa komponen penting salah satunya yaitu primer ( forward dan reverse ). Primer yang digunakan dalam amplifikasi gen harus spesifik terhadap gen target sehingga dapat mengenali dan menempel pada gen target yang diinginkan. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer yang sesuai untuk amplifikasi gen POD menggunakan teknik qRT-PCR. Primer dirancang menggunakan perangkat PrimerQuest. Primer yang telah dirancang kemudian dianalisis untuk spesifikasinya dengan geneious prime . Kemudian spesifikasi primer di cek menggugakan primer BLAST. Hasil desain primer dengan kriteria terbaik untuk amplifikasi gen POD yaitu Forward POD 5'-AAATGCGTCGATCTACTGTACCT-3' dan Reverse POD 5'-GTGTTGAAAATGGCAATAAACCGG-3'


Keywords


Desain primer, POD, qRT-PCR, Suhu annealing

References


Abedi, T., & Pakniyat, H. (2010). Antioxidant enzyme changes in response to drought stress in ten cultivars of oilseed rape (Brassica napus L.). Czech Journal of Genetics and Plant Breeding, 46(1), 27–34.

Acemi, A., Duman, Y. A., Karakus, Y. Y., & Özen, F. (2018). Developmental and biochemical analyses of in vitro drought stress response in ornamental European Bluestar (Amsonia orientalis Decne.). Folia Horticulturae, 30(2), 357–366.

Amanda, K., Sari, R., & Apridamayanti, P. (2019). Optimasi Suhu Annealing Proses PCR Amplifikasi Gen shv Bakteri Escherichia coli Pasien Ulkus Diabetik. Jurnal Mahasiswa Farmasi Fakultas Kedokteran UNTAN, 4(1), 1–6.

Borah, P. (2011). Primer designing for PCR. Science Vision, 11(3), 134–136.

Chakraborty, K., Bishi, S. K., Goswami, N., Singh, A. L., & Zala, P. V. (2016). Differential fine-regulation of enzyme driven ROS detoxification network imparts salt tolerance in contrasting peanut genotypes. Environmental and Experimental Botany, 128, 79–90.

Duan, J., Zhang, M., Zhang, M., Xiong, H., Liu, P., Ali, J., Li, J., & Li, Z. (2012). OsMIOX, a myo-inositol oxygenase gene, improves drought tolerance through scavenging of reactive oxygen species in rice (Oryza sativa L.). Plant Science, 196, 143–151.

Geiger, J. P., Rio, B., Nandris, D., & Nicole, M. (1989). Peroxidase production in tissues of the rubber tree following infection by root rot fungi. Physiological and Molecular Plant Pathology, 34(3), 241–256.

Mahrus, Lalu Zulkifli, Saprizal Hadisaputra, & Ida Ayu Putu Armyani. (2021). Penggunaan Bioinformatika dalam Pembelajaran Sains Untuk Menyelesaian Kesulitan Belajar Siswa pada Materi Genetika di SMPN 20 Mataram. Jurnal Pengabdian Magister Pendidikan IPA, 4(4), 290–295.

Nuraini, I. S., & Roslim, D. I. (2021). Optimasi Suhu Annealing Pasangan Primer Untuk Amplifikasi Daerah Atpb-Rbcl Intergenic Spacer Pada Tumbuhan Pandan (Benstonea sp.) Asal Riau. Repository University of Riau, 3(2), 81–91.

Pradnyaniti, D. ., Wirajana, I. ., & Yowani, S, C. (2010). Desain Primer secara in silico untuk Amplifikasi Fragmen Gen rpoB Mycobacterium tuberculosis Desain Primer secara in silico untuk Amplifikasi Fragmen gen rpoB Mycobacterium tuberculosis dengan Polymerase Chain Reaction ( PCR ). Jurnal Farmasi Udayana, 124–130.

Saraswati, H., Dwi Wahyuni, F., Bioteknologi, P., Ilmu-ilmu Kesehatan, F., & Esa Unggul, U. (2019). Desain Primer Secara In Silico untuk Amplifikasi Gen cryIII dari Bacillus thuringiensis Isolat Lokal. Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity, 3(1), 33–38.

Sasmito, D., Kurniawan, R., & Muhimmah, I. (2014). Karakteristik Primer pada Polymerase Chain Reaction(PCR) untuk Sekuensing DNA: Mini Review. Seminar Informatika Medis, 93–102.

Sutarno. (2016). Rekayasa Genetik dan Perkembangan Bioteknologi di Bidang Peternakan. Proceeding Biology Education Conference, 13(1), 23–27.

Violita, & Hamim. (2010). Sistem Pertahanan Tanaman Kedelai Yang Mendapat Perlakuan Cekaman Kekeringan. Journal of Chemical Information and Modeling, 2(9), 103–112.

Yin, Z. (2021). Effects Of Drought Stress On Antioxidant Enzymes In Common Bean ( Phaseolus vulgaris L .) Seedlings. Bangladesh J., 50(3), 873–878.

Yustinadewi, P. D., Yustiantara, P. S., & Narayani, I. (2018). Mdr-1 Gene 1199 Variant Primer Design Techniques in Pediatric Patient Buffy Coat Samples With Lla. Metamorfosa: Journal of Biological Sciences, 5(1), 105.




DOI: https://doi.org/10.24036/bsc.v7i2.122972

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2023 Nella Fauziah, Afifatul Achyar, Zulyusri Zulyusri, Yusni Atifah, Linda Advinda, Violita Violita

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Bioscience is Indexed By: