Comparison of Three Different DNA Isolation Methods To Degradate The Trichoderma Fungi Cell Wall

Abstract

Dinding sel jamur Trichoderma tersusun atas senyawa kitin yang sangat kokoh dan resisten terhadap aktivitas enzim. Teknik dan metode spesifik diperlukan untuk mendegradasi dinding sel jamur. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis metode isolasi DNA terbaik dalam melisiskan dinding sel jamur dengan membandingkan beberapa metode isolasi. Metode isolasi yang digunakan adalah DNeasy Plant Mini Kit, kombinasi DNeasy Plant Mini Kit dan pemanasan, serta kombinasi DNeasy Plant Mini Kit dan cara fisik (menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalam nitrogen cair). Penelitian ini dilakukan pada bulan Maret sampai September 2018 yang bertempat di Laboratorium Mikrobiologi, Laboratorium Bioteknologi dan Genetika, serta Laboratorium Penelitian Terpadu, FMIPA, UNP. Data dianalisis secara kualitatif dengan elektroforesis gel agarose dan secara kuantitatif dengan menghitung nilai kemurnian dan konsentrasi DNA menggunakan Nanodrop. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode kombinasi DNeasy Plant Mini Kit dengan cara fisik memberikan hasil isolasi DNA dengan konsentrasi yang tertinggi yaitu 2,4 μg/ml dengan nilai kemurnian 1,857. Pada metode DNeasy Plant Mini Kit dan metode kombinasi DNeasy Plant Mini Kit dengan pemanasan, konsentrasi DNA yang diperoleh berturut-turut 1,211 µg/ml dan 0,933 µg/ml dengan nilai kemurnian 1,728 dan 1,708. Hasil uji elektroforesis menunjukkan adanya pita DNA berupa garis tipis pada sampel yang diisolasi dengan kombinasi metode kit dan cara fisik, sedangkan pada kedua sampel lainnya tidak ditemukan adanya pita DNA. Dapat disimpulkan metode isolasi DNA yang dapat dijadikan rujukan untuk mendegradasi dinding sel jamur Trichoderma adalah metode kombinasi kit dengan nitrogen cair dengan catatan dibutuhkan penambahan kadar isolat yang digunakan.

Kata Kunci: Isolasi DNA, Dinding sel, Trichoderma