Comparison of Three Different DNA Isolation Methods To Degradate The Trichoderma Fungi Cell Wall

Widya Ruchi(1), Dwi Hilda Putri(2), Azwir Anhar(3),
(1) Padang State University 
(2) UNP 
(3) UNP 

Corresponding Author
Copyright (c) 2019 Widya Ruchi

DOI : https://doi.org/10.24036/0201931102859-0-00

Full Text:    Language : id
Submitted : 2019-01-23
Published : 2019-04-01

Abstract


Dinding sel jamur Trichoderma tersusun atas senyawa kitin yang sangat kokoh dan resisten terhadap aktivitas enzim. Teknik dan metode spesifik diperlukan untuk mendegradasi dinding sel jamur. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis metode isolasi DNA terbaik dalam melisiskan dinding sel jamur dengan membandingkan beberapa metode isolasi. Metode isolasi yang digunakan adalah DNeasy Plant Mini Kit, kombinasi DNeasy Plant Mini Kit dan pemanasan, serta kombinasi DNeasy Plant Mini Kit dan cara fisik (menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalam nitrogen cair). Penelitian ini dilakukan pada bulan Maret sampai September 2018 yang bertempat di Laboratorium Mikrobiologi, Laboratorium Bioteknologi dan Genetika, serta Laboratorium Penelitian Terpadu, FMIPA, UNP. Data dianalisis secara kualitatif dengan elektroforesis gel agarose dan secara kuantitatif dengan menghitung nilai kemurnian dan konsentrasi DNA menggunakan Nanodrop. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode kombinasi DNeasy Plant Mini Kit dengan cara fisik memberikan hasil isolasi DNA dengan konsentrasi yang tertinggi yaitu 2,4 μg/ml dengan nilai kemurnian 1,857. Pada metode DNeasy Plant Mini Kit dan metode kombinasi DNeasy Plant Mini Kit dengan pemanasan, konsentrasi DNA yang diperoleh berturut-turut 1,211 µg/ml dan 0,933 µg/ml dengan nilai kemurnian 1,728 dan 1,708. Hasil uji elektroforesis menunjukkan adanya pita DNA berupa garis tipis pada sampel yang diisolasi dengan kombinasi metode kit dan cara fisik, sedangkan pada kedua sampel lainnya tidak ditemukan adanya pita DNA. Dapat disimpulkan metode isolasi DNA yang dapat dijadikan rujukan untuk mendegradasi dinding sel jamur Trichoderma adalah metode kombinasi kit dengan nitrogen cair dengan catatan dibutuhkan penambahan kadar isolat yang digunakan.

Kata Kunci: Isolasi DNA, Dinding sel, Trichoderma


References


Ardiana DW. (2009). Teknik Isolasi DNA Genom Tanaman Pepaya dan Jeruk dengan Menggunakan Modifikasi Bufer CTAB. Buletin Teknik Pertanian,14(1), 12-16.

Carlile MJ dan Watkinson SC. (1994). The Fungi. London: Academic Press.

Corkill G dan Rapley R. (2008). The Manipulation of Nucleic Acids. USA: Humana Press.

Eveleigh DE. (1985). Trichoderma. Menlo Park, CA: The Benjamin Cummings Publishing Company Inc.

Gandjar I, Sjamsuridzal W, dan Oetari A. (2006). Mikologi Dasar dan Terapan. Jakarta: Yayasan Obor Indonesia.

Gandjar IR. (1999). Pengenalan Kapang Tropik Umum. Jakarta: Yayasan Obor Indonesia.

Hastuti R. (2009). Isolasi dan Identifikasi Jamur Indigenous Rhizosfer Tanaman Kentang dari Lahan Pertanian Kentang Organik di Desa Pakis, Magelang. Bioma, 11(2), 45-53.

Holme DJ dan Hazel P. (1998). E-book: Analytical Biochemistry Third Edition. England: Pearson Education.

Iwen PC dan Rupp SH. (2002). Utilization of The Internal Transcribed Spacer Regions as Molecular Targets to Detect and Identify Human Fungal Pathogens. Medical Mycology, 40(1), 87-109.

Jamsari. (2007). Bioteknologi Pemula (Prinsip Dasar dan Aplikasi Analisis Molekuler). Pekan Baru: UNRI Press.

Moore-Landecker E. (1982). Fundamentals of The Fungi, Second Edition. New Jersey: Prentice-Hall, Inc.

Muladno. (2002). Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka Wirausaha Muda.

Nurnayetti A. (2013). Keunggulan Kompetitif Padi Sawah Varietas Lokal Di Sumatera Barat. Jurnal Pengkajian dan Pengembangan Teknologi Pertanian, 16(2), 102-110.

Sambrook J dan Russel. (2001). Molecular Cloning-A Laboratory Manual. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Sartika ID, Azwir A, dan Irdawati. (2017). Respon Tinggi Benih Padi Gogo Situ Bagendit (Oryza sativa L.) Terhadap Beberapa Asal Isolat Trichoderma spp. Journal Biosains, 1(2), 7.

Syahputra M, Azwir A, dan Irdawati. (2017). Isolasi Trichoderma spp. dari Beberapa Rizosfer Tanaman Padi Asal Solok. Journal Biosains, 1(2), 9.

Vinale FS, Krishnapillai G, Emilio LM, Roberta W, Sheridan L dan Matteo. (2008). Trichoderma–Plant–Pathogen Interactions. Soil Biology Biochemistry, 40(1), 1-10.

White TJ, Bruns T, Lee S dan Taylor J. (1990). Amplification and Direct Sequencing of Fungal Ribosomal RNA Genes for Phylogenetics. PCR Protocols : A Guide to Methods and Applications.


Article Metrics

 Abstract Views : 44 times
 PDF (Bahasa Indonesia) Downloaded : 17 times

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2019 Widya Ruchi

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.